Programme de l'AG MIA/NUMM 2019
Mardi 21 mai 2019 (Novotel de Massy-Palaiseau)
12h00-14h00 Accueil des participants
12h30 Déjeuner (le buffet restera ouvert jusqu'à 14h30)
14h30-15h00 Ouverture de l'assemblée générale : Hervé Monod (Chef du département MIA)
15h00-16h15 Présentation des unités franciliennes (animatrices : Liliane Bel et Sophie Schbath)
- Ecosystème francilien : Liliane Bel (MIA-Paris)
- Statistiques pour données de réseaux : Sophie Donnet (MIA-Paris)
- Discrete dynamical systems as models of cellular regulatory networks : Laurent Tournier (MaIAGE, Jouy)
- De l’impact du choix de la structure des espèces sur l’analyse différentielle de données d’abondance en métagénomique : Christophe Ambroise (LaMME, Evry)
16h15-16h40 Pause
16h40-17h30 Présentation des unités Irstea : ITAP, TSCF, LISC, OPAALE, TETIS
17h30-19h30 Session poster des 24 équipes du futur département "NUMM" et apéritif
20h Dîner
Mercredi 22 mai 2019 (Centre Inra de Jouy-en-Josas)
8h30 Départ en car pour le centre Inra de Jouy-en-Josas
9h30 Début des sessions parallèles pour les Gestionnaires d'Unité [Bibliothèque du bât. 210] et les Informaticiens du groupe ForgeMIA ["bocal" du bât. 210]
9h30-12h30 Sessions scientifiques en parallèle par champ thématique (pause de 10h45 à 11h15)
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CT1 : Bioinformatique et modélisation pour la biologie des systèmes et de synthèse (animatrice : Sophie Schbath) [bât. 210]
- Resource allocation-based models as an effective framework for reconciling (sub-)cellular and individual scales : Anne Goelzer (MaIAGE, Jouy)
- Le dual RNA-Seq ou la transcriptomique des relations inter-organismes : Claire Hoede (MIAT, Toulouse) [PDF]
- Représentations vectorielles et apprentissage automatique pour l’alignement d’entités textuelles et de concepts d’ontologie : application à la biologie : Arnaud Ferré (MaIAGE, Jouy) [PDF]
Pause et session posters des CATIs Bios4Biol, BOOM et Sysmics [bât. 210]
- Classification hiérarchique d'une matrice de similarité bande avec contraintes d'adjacence ; applications en génomique : Guillem Riguaill (LaMME, Evry & IPS2, Paris-Saclay) [PDF]
- PLNmodels: A collection of Poisson lognormal models for multivariate analysis of count data : Julien Chiquet (MIA-Paris) [PDF]
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CT2 : Mathématiques et informatique pour la biologie des populations, l’écologie et l’épidémiologie (animateurs : Etienne Klein et Franck Jabot) [Amphi bât. 440]
- Dealing with ecosystem services in the management of agroecological systems : Roger Martin-Clouaire (MIAT, Toulouse) [PDF]
- Indicateurs de durabilité: contrôle des systèmes socio-écologiques : Sophie Martin (LISC, Clermont-Ferrand) [PDF]
- Un modèle statistique pour lier mouvement, territoire et environnement en écologie : Pierre Gloaguen (MIA-Paris) [PDF]
Pause et session posters des CATIs IMOTEP, IUMAN, CODEX et PROSODIe [Amphi bât. 440]
- CT3 : Agriculture, environnement et alimentation numériques (animateurs : Pascal Neveu et Roland Lenain) [Auditorium bât. 442]
- Agriculture Numérique: l'essentiel est invisible pour les yeux : Ryad Bendoula (ITAP-Montpellier) [PDF]
- Apprentissage et alimentation, l’apport du numérique : Antoine Cornuéjols (MIA-Paris) [PDF]
- Agriculture et robotique: une nouvelle ère : Roland Lenain (TSCF-Clermont) [PDF]
Pause et session posters des CATIs IMOTEP, IUMAN, CODEX et PROSODIe [Amphi bât. 440]
- La plateforme Record et Agriculture Numérique : Hélène Raynal et Patrick Chabrier (MIAT, Toulouse) [PDF] [PDF]
- Systèmes d'Information pilotés par des ontologies : Pascal Neveu (MISTEA, Montpellier) [PDF]
- Systèmes d'information agri-environnementaux communicants : François Pinet (TSCF, Clermont) [PDF]
- Agriculture de précision: des données, des données, mais surtout, des méthodes et modèles pour une décision d'intérêt agronomique ! Olivier Naud (ITAP-Montpellier) [PDF]
12h30-14h30 Déjeuner et promenade digestive
14h30-16h00 Sessions scientifiques en parallèle par discipline
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Probabilités et statistique (animateurs : Maud Delattre et Jean-Michel Roger) [Amphi bât. 440]
- Phylogénies non binaires en épidémiologie : Patrick Hoscheit (MaIAGE, Jouy) [PDF]
- Comment prédire et cartographier des risques environnementaux spatio-temporels: l'approche bayésienne avec INLA : Thomas Opitz (BioSP, Avignon) [PDF]
- Modèles interprétables issus des données et de la connaissance : Nadine Hilgert (MISTEA, Montpellier) [PDF]
- Orthogonal projections in chemometrics : Jean-Michel Roger (ITAP, Montpellier) [PDF]
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Systèmes dynamiques (animateurs : Lionel Roques et Dominique Heitz) [bât. 210]
- Présentation des systèmes dynamiques au sein de NUMM : Lionel Roques (BioSP, Avignon) et Dominique Heitz (OPAALE, Rennes) [PDF] [PDF]
- Assimilation de données pour la reconstruction d'écoulements : Dominique Heitz (OPAALE, Rennes) [PDF]
- Diversité et rendement dans les dynamiques transitoires. Quelques exemples de modèles ressources-consommateurs : Alain Rapaport (MISTEA, Montpellier) [PDF]
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Intelligence artificielle (animateurs : Simon de Givry et Maguelonne Teisseire) [bât. 233]
- Clustering/classification par réseaux de neurones (en télédétection) : Dino Ienco (TETIS, Montpellier)
- Méthodes d'apprentissage pour l'identification de métabolites : Céline Brouard (MIAT, Toulouse)
- Intégration de données guidée par une ontologie. Application aux sciences du vivant : Juliette Dibie (MIA-Paris)
- Démonstration de la suite Alvis pour la fouille de texte : Robert Bossy (MaIAGE, Jouy)
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Bioinformatique (animatrice : Anne-Laure Abraham) [Auditorium bât. 442]
- Quelques outils pour l'analyse de données (s)RNA-Seq : Mathias Zytnicki (MIAT, Toulouse) [PDF]
- Easy16S : a user-friendly Shiny interface for analysis and visualization of metagenomic data : Cédric Midoux (HBAN, Antony) [PDF]
- Correction et assemblage de lectures issues de technologies de séquençage de 3e génération : Jean-François Gibrat (MaIAGE, Jouy) [PDF]
- Etude du polymorphisme intraspécifique chez les bactéries à partir de données métagénomiques obtenues par shotgun : Anne-Laure Abraham (MaIAGE, Jouy) [PDF]
16h00-16h30 Pause
16h30-18h00 Sessions transversales en parallèle
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Autour du R "moderne", animée par Julien Chiquet et Mahendra Mariadassou [bât. 233]
- Nous découvrirons et illustrerons les possibilités ouvertes par des paquets R récents en terme de manipulation (tidyverse) et d'interaction (plotly, rmarkdown, datatable et crosstalk) avec les données. Nous montrerons notamment des illustrations qui facilitent les discussions avec les collègues appliqués.
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Autour du calcul scientifique, animée par Sylvain Jasson et Hervé Richard [bât. 210]
- Le département MIA est actuellement un gros pourvoyeur et un gros consommateur de calcul numérique. En partant d'une description de l'existant (en ne négligeant aucune composante : Compétences humaines, bases de données, logiciels, moyens de stockage, moyens de calcul...) et de quelques cas d'usage nous décrirons collectivement ce qui permet que l'aspect calcul scientifique d'un projet se "passe bien".
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Autour de l'impact environnemental du numérique, animée par Emmanuelle Frenoux (LIMSI, Orsay) et Sophie Schbath [Amphi bât. 440]
- À partir du séminaire d'Emmanuelle (PDF), nous découvrirons puis réfléchirons sur la face cachée du numérique, entre menace ou espoir pour l'environnement, avec plusieurs idées reçues et quelques bonnes pratiques pour préserver notre planète.
18h30 Départ en car pour le Novotel Massy Palaiseau
20h Dîner et soirée de gala
Jeudi 23 mai 2019 (Novotel de Massy-Palaiseau)
8h45-9h30 Restitution des sessions par champ thématique et transversales
9h30-10h00 Présentation de la ForgeMIA (Damien Berry, MIAT) [PDF]
10h00 -10h20 Partenariat Innovation, Agriculture numérique (Denis Allard, BioSP)
10h20-10h40 Présentation de la DipSO (Christine Gaspin, MIAT) [PDF]
10h40-11h10 Pause
11h10-11h40 Vers un nouveau département (Hervé Monod) [PDF]
11h40 Discussion
12h45 Clôture de l'AG
13h00 Déjeuner ou paniers repas